高用量ナイアシン療法（1-3 g/日）の急性有害作用には、さらに高脂血症の治療に一般的に用いられる低血圧、疲労、耐糖能異常およびインスリン抵抗性、胸やけ、かすみ目または視力障害、および黄斑浮腫が含まれる。長期使用では、高用量ナイアシン療法（750 mg/日）の有害作用には、肝不全（疲労、吐き気、および食欲不振を伴う）、肝炎、および急性肝不全も含まれる；ナイアシンのこれらの肝毒性作用は、徐放性剤形が使用される場合に、より頻繁に起こる。1日2グラム以上のナイアシンの長期使用は、脳出血、虚血性脳卒中、消化管潰瘍および消化管出血、糖尿病、消化不良、および下痢のリスクを有意に増加させる。