ヒトにおいては、過剰摂取によってリボフラビン毒性が生じるという証拠はなく、摂取量が増えるにつれて吸収効率が低下する。 過剰なリボフラビンは腎臓から尿に排泄され、フラビン尿として知られる鮮やかな黄色になる。片頭痛の頻度と重症度の治療に対するリボフラビンの有効性に関する臨床試験では、被験者に1日あたり最大400 mgのリボフラビンを3～12ヵ月間経口投与した。報告された副作用の中には腹痛と下痢があった。