インスリンと同様に、GLP-1アゴニストも網膜症を引き起こしたり悪化させたりすることがあるが、これは直接的な影響というよりも、グルコースの急激な低下によって間接的に引き起こされると考えられている。患者の中には抗薬物抗体を発症する者がいるが、これは他のGLP-1作動薬よりもエキセナチドでよくみられ（抗薬物抗体は患者の3分の1以上で検出可能）、薬効を低下させる。GLP-1作動薬は、急速な体重減少を誘導するために使用すると胆石のリスクを増大させる。