天然に存在するほとんどの不飽和脂肪酸では、各二重結合の後に3個（n-3）、6個（n-6）または9個（n-9）の炭素原子があり、全ての二重結合はシス配位を持つ。ほとんどのトランス型脂肪酸（トランス脂肪酸）は自然界には存在せず、人為的な加工（例えば水素添加）の結果である。トランス脂肪酸の一部は、反芻動物（牛や羊など）の乳や肉にも自然に含まれている。これらは反芻動物のルーメンで発酵によって生成される。これらは反芻動物の乳から得られる乳製品にも含まれ、食事から摂取した女性の母乳にも含まれることがある。