トランス脂肪酸が特定の健康問題を引き起こす正確な生化学的過程は、継続的な研究のテーマである。食事性トランス脂肪酸の摂取は、必須脂肪酸（オメガ3を含むEFA）を代謝する体の能力を乱し、動脈壁のリン脂質脂肪酸組成の変化につながり、冠動脈疾患のリスクを高める。