集約飼育と放し飼いの両方に動物福祉の懸念がある。集約的なシステムでは、共食い、羽つつき、泄殖孔つつきが一般的であり、一部の農家は予防策として嘴切りを用いる。疾病もまた一般的であり、群れの中で急速に広がる可能性がある。広範なシステムでは、鳥は悪天候にさらされ、捕食者や病気を媒介する野鳥に脆弱である。バーンシステムは鳥の福祉が最も悪いとされている。東南アジアでは、放し飼い農業における疾病管理の欠如が鳥インフルエンザの流行と関連付けられている。