より小さなグループは、この地域の原始的な住民であるコイサン族であった。一部の考古学者は、彼らが少なくとも1万年前からこの地域に住んでいたと考えている。コイサン族の子孫の多くは現在、南アフリカの人口に組み込まれている。コイサン族は元々狩猟採集民であった（バンツー語話者からは「サン」、ヨーロッパ人からは「ブッシュマン」として知られるようになった）。しかし、バンツー語話者の到来後、一部のコイサン族はバンツー語話者の牛の飼育を採用したが、作物は栽培しなかった。牛を飼育したコイサン族は自らを「コイコイ」と呼び、ヨーロッパ人からは「ホッテントット」として知られるようになった。