ビフィズス菌の代謝研究の多くはオリゴ糖代謝に焦点を当てている。乳児に関連するビフィズス菌の系統型はミルクオリゴ糖を発酵する能力を進化させたようであるが、成人に関連する種は植物オリゴ糖を使用し、それぞれの環境で遭遇するものと一致している。母乳栄養の乳児はビフィズス菌が優勢な腸内コンソシアを持つことが多いため、ミルクオリゴ糖のビフィズス形成特性を模倣しようとする応用が数多く試みられている。これらは植物由来のフラクトオリゴ糖または乳製品由来のガラクトオリゴ糖に大別され、ミルクオリゴ糖異化とは異なる代謝を受ける。