第三に、プロバイオティクスの候補は、分類学的に定義された微生物または微生物の組み合わせ（属、種、菌株レベル）でなければならない。プロバイオティクスのほとんどの効果は菌株特異的であり、同じ属や種の他のプロバイオティクスには適用できないことが一般的に認められている。このため、菌株の正確な同定、すなわち被検微生物の遺伝子型および表現型の特徴付けが必要となる。