トランス脂肪酸は他の脂肪酸とは異なって肝臓で処理される。必須脂肪酸をアラキドン酸とプロスタグランジンに変換する際に関与する酵素であるデルタ6デサチュラーゼを妨害することによって、肝機能障害を引き起こす可能性がある。