原核生物の中には、ブデロビブリオやエンシファーのように、捕食性で他の単細胞生物を捕食するものもいる。捕食性原核生物は、走化性やランダムな衝突によって他の生物を探し出し、その生物と合体して分解し、放出された栄養分を吸収する。原核生物の捕食戦略には、生物の外表面に付着して外部で分解する方法、生物の細胞質に侵入する方法、生物のペリプラズム空間に侵入する方法などがある。捕食性原核生物のグループは、集団で加水分解酵素を産生することで付着を見送っている場合もある。