それ以来、大きな高分子集合体のクライオ電子顕微鏡（クライオEM）が開発された。クライオ電子顕微鏡は、結晶ではなく凍結したタンパク質サンプルを用い、X線ではなく電子ビームを用いる。試料へのダメージが少ないため、科学者はより多くの情報を得ることができ、より大きな構造を解析することができる。小さなタンパク質のドメインの計算によるタンパク質構造予測も、研究者がタンパク質構造の原子レベルの分解能に近づくのに役立っている。 2017年現在、プロテインデータバンクには126,060以上の原子分解能のタンパク質構造が登録されている。