中心的な補酵素のひとつが、細胞のエネルギー通貨であるアデノシン三リン酸（ATP）である。このヌクレオチドは、異なる化学反応間で化学エネルギーを伝達するために使われる。細胞内に存在するATPの量はわずかだが、絶えず再生されるため、人体は1日に自分の体重ほどのATPを使うことができる。ATPは異化作用と同化作用の橋渡しをする。異化作用によって分子が分解され、同化作用によって分子が組み合わされる。異化反応はATPを生成し、同化反応はATPを消費する。また、リン酸化反応ではリン酸基の運搬役としても働く。