多くのタンパク質はいくつかのタンパク質ドメインから構成されている。ドメインは通常、酵素的活性（例えば、キナーゼ）などの特定の機能も持つか、結合モジュール（例えば、SH3ドメインは他のタンパク質のプロリンに富んだ配列に結合する）として機能する。