ゲノムにコードされているタンパク質の数は、おおよそ遺伝子の数に対応する（ただし、タンパク質のRNAをコードする遺伝子、例えばリボソームRNAの数もかなり多いかもしれない）。ウイルスは通常数個から数百個、古細菌やバクテリアは数百個から数千個、真核生物は通常数千個から数万個のタンパク質をコードしている（例についてはゲノムサイズを参照）。