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伝統医学は江戸時代を通じてその人気を失うことはなかったが、明治維新の直後から急速な衰退期に入った。1871年、新政府はドイツの医学制度に基づく医学教育の近代化を決定した。1875年からは、自然科学と西洋医学に重点を置いた新しい医学試験が実施された。1883年10月、既存の伝統的な開業医の免許を取り消す法律が制定された。法的地位を失ったにもかかわらず、少数の伝統医が個人的に診療を続けた。山田行功（1808-1881）、浅田宗伯（1813-1894）、森立志（1807-1885）らの中には、「伝統的知識を守る会」（「温知社」）を組織し、小さな病院を設立し始めた者もいた。しかし、1887年（明治20年）には、内部の政策上の反対や指導的人物の死去により、組織は解散した。1894年に設立された「帝国医師会」も短命に終わった。1895年、第8回国会は漢方継続の要求を否決した。中心的な活動家の一人であった安斎国幹（1848-1903）が亡くなると、漢方運動はほとんど消滅した。