江戸時代後期には、日本の多くの修行者が両派の要素を取り入れ始めた。荻野玄厓（1737-1806）、石坂素鉄（1770-1841）、本間宗謙（1804-1872）のように、オランダ商館出島（長崎）の医師を通じて日本に伝わった西洋の概念や療法を取り入れようとした者もいた。西洋医学は外科の分野で一定の地位を獲得したが、「蘭学」（蘭学）の信奉者であっても実際の診療においては非常に折衷的であったため、19世紀まで「東洋」と「西洋」の流派間の競争はあまりなかった。