イヌリンはフルクトースポリマーの異種集合体である。鎖末端のグルコシル部分と繰り返しのフルクトシル部分からなり、これらはβ(2,1)結合で結ばれている。標準的なイヌリンの重合度（DP）は2〜60である。製造工程でDPが10以下のフラクションを除去した後、残った製品が高性能イヌリンとなる。DPが10より低い画分を短鎖のフラクトオリゴ糖とみなし、より長鎖の分子だけをイヌリンと呼ぶ論文もある。