口と肛門の両方を持つ完全な消化管は、動物界左右相称動物のネフロゾア系群内で進化したと考えられている。彼らの祖先の腹側開口部(クラゲやアコエル類のように単一。扁形動物のようなネフロゾア系群で再進化した。)が前後方向に伸びた後、その中央部分が狭くなり完全に閉鎖し、前方の開口部(口)と後方の開口部(肛門と生殖孔)が残ったことによるものである。中央部分が閉鎖しない伸びた消化管は、二つ葉類の別の枝に属する絶滅した前節動物にも見られる。この仮説は、ある種のネフロゾア(例えば線虫類)で見られる両口式発生(胚において口と肛門が消化管の伸長部分から発生する)によっても支持されている。