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葉酸強化プログラムが実施された直後から、高摂取はがん、特に結腸がんにつながる可能性のある前形成病変の成長を促進するという理論が提唱された。その後、食事性葉酸の低摂取と高摂取、血清葉酸の上昇、葉酸のサプリメント摂取の効果についてメタアナリシスが行われたが、時には相反する結果も報告されている。低食事性葉酸と高食事性葉酸を比較すると、結腸がんのリスクは緩やかではあるが統計学的有意性低下した。前立腺がんのリスクについては、低食事性葉酸と高食事性葉酸を比較したところ、効果は認められなかった。葉酸栄養補助食品を対象とした試験のレビューでは、前立腺がんリスクが統計的に有意に24％上昇したことが報告された。葉酸を1,000～2,500μg/日（引用されたサプリメント試験の多くで使用された量）補充すると、食物由来の葉酸を多く含む食事から得られる血清葉酸濃度よりも高くなることが示された。2つ目のサプリメントのレビューでは、葉酸サプリメントを摂取している人において、総がん罹患率、大腸がん、その他の消化器がん、泌尿生殖器がん、肺がん、血液悪性腫瘍の有意な増減はみられなかったと報告された。大腸がん罹患率のみに限定した3つ目のサプリメントメタ解析では、葉酸摂取と大腸がんリスクは関連しないことが示された。