細胞内分布
酵素はコンパートメント化することができ、異なる代謝経路が異なる細胞コンパートメントで起こる。例えば、脂肪酸は細胞質、小胞体、ゴルジ体で1組の酵素によって合成され、ミトコンドリアではβ-酸化によってエネルギー源として別の1組の酵素によって利用される。さらに、酵素の取引によって、プロトン化の程度（例えば、中性の細胞質と酸性のリソソーム）や酸化状態（例えば、酸化的なペリプラズムや還元的な細胞質）が変化し、それが酵素活性に影響を与えることもある。膜結合オルガネラへの分配とは対照的に、酵素の細胞内局在は、高分子細胞質フィラメントへの酵素の重合によって変化することもある。