Protein/ja: Difference between revisions

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より複雑な計算問題は、[[docking (molecular)/ja|分子ドッキング]]、[[protein folding/ja|タンパク質フォールディング]]、[[protein-protein interaction/ja|タンパク質間相互作用]]、化学反応性などの分子間相互作用の予測である。これらの動的過程をシミュレートする数理モデルには、[[molecular mechanics/ja|分子力学]]、特に[[molecular dynamics/ja|分子動力学]]が関与している。このような観点から、[[villin/ja|ビリン]]ヘッドピースや[[HIV/ja|HIV]]アクセサリータンパク質のような小さなα-ヘリカル[[protein domain/ja|タンパク質ドメイン]]のフォールディングを発見した'''[[in silico/ja|シリコンチップ内]]'シミュレーションや、標準的な分子動力学と[[:en:quantum mechanics/ja|量子力学]]数学を組み合わせたハイブリッド手法によって、[[rhodopsin/ja|ロドプシン]]の電子状態が探求されている。

~~A more complex computational problem is the prediction of intermolecular interactions, such as in~~ [[docking (molecular)|~~molecular docking~~]], [[protein folding]], [[~~protein–protein~~ interaction]] ~~and chemical reactivity. Mathematical models to simulate these dynamical processes involve~~ [[molecular mechanics]]~~, in particular,~~ [[molecular dynamics]]~~. In this regard, ''~~[[~~in silico~~]]~~'' simulations discovered the folding of small α-helical~~ [[~~protein domain~~]]~~s such as the~~ [[~~villin~~]] ~~headpiece, the~~ [[~~HIV~~]] ~~accessory protein and hybrid methods combining standard molecular dynamics with~~ [[quantum mechanics|~~quantum mechanical~~]] ~~mathematics have explored the electronic states of~~ [[rhodopsin]]s.

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古典的な分子動力学にとどまらず、[[:en:quantum dynamics|量子動力学]]手法を用いれば、量子力学的効果を正確に記述した上で、原子レベルの詳細なタンパク質のシミュレーションを行うことができる。例えば、多層[[:en:multi-configuration time-dependent Hartree|多構成時間依存ハートリー]]（MCTDH）法や[[:en:hierarchical equations of motion|階層的運動方程式]]（HEOM）アプローチなどがある、

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 ===動的過程のインシリコシミュレーション===
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+より複雑な計算問題は、[[docking (molecular)/ja|分子ドッキング]]、[[protein folding/ja|タンパク質フォールディング]]、[[protein-protein interaction/ja|タンパク質間相互作用]]、化学反応性などの分子間相互作用の予測である。これらの動的過程をシミュレートする数理モデルには、[[molecular mechanics/ja|分子力学]]、特に[[molecular dynamics/ja|分子動力学]]が関与している。このような観点から、[[villin/ja|ビリン]]ヘッドピースや[[HIV/ja|HIV]]アクセサリータンパク質のような小さなα-ヘリカル[[protein domain/ja|タンパク質ドメイン]]のフォールディングを発見した'''[[in silico/ja|シリコンチップ内]]'シミュレーションや、標準的な分子動力学と[[:en:quantum mechanics/ja|量子力学]]数学を組み合わせたハイブリッド手法によって、[[rhodopsin/ja|ロドプシン]]の電子状態が探求されている。
-A more complex computational problem is the prediction of intermolecular interactions, such as in [[docking (molecular)|molecular docking]], [[protein folding]], [[protein–protein interaction]] and chemical reactivity. Mathematical models to simulate these dynamical processes involve [[molecular mechanics]], in particular, [[molecular dynamics]]. In this regard, ''[[in silico]]'' simulations discovered the folding of small α-helical [[protein domain]]s such as the [[villin]] headpiece, the [[HIV]] accessory protein and hybrid methods combining standard molecular dynamics with [[quantum mechanics|quantum mechanical]] mathematics have explored the electronic states of [[rhodopsin]]s.
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 古典的な分子動力学にとどまらず、[[:en:quantum dynamics|量子動力学]]手法を用いれば、量子力学的効果を正確に記述した上で、原子レベルの詳細なタンパク質のシミュレーションを行うことができる。例えば、多層[[:en:multi-configuration time-dependent Hartree|多構成時間依存ハートリー]]（MCTDH）法や[[:en:hierarchical equations of motion|階層的運動方程式]]（HEOM）アプローチなどがある、