Pyridoxal phosphate/ja: Difference between revisions

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特異性においてさらに重要な役割を果たすのが、[[pyridine/ja|ピリジン]]環窒素のプロトン化のしやすさである。

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==PLP-酵素==

==PLP-enzymes==

PLP is retained in the active site not only thanks to the lysine, but also thanks to the interaction of the phosphate group and a phosphate binding pocket and to a lesser extent thanks to base stacking of the pyridine ring with an overhanging aromatic residue, generally tyrosine (which may also partake in the acid–base catalysis). Despite the limited requirements for a PLP binding pocket, PLP enzymes belong to only five different families. These families do not correlate well with a particular type of reaction. The five families are classified as fold types followed by a Roman numeral.

PLPは、リジンだけでなく、リン酸基とリン酸結合ポケットとの相互作用によって活性部位に保持され、さらに、ピリジン環と張り出した芳香族残基、一般的にはチロシン（チロシンも酸塩基触媒反応に関与することがある）との塩基のスタッキングによって、活性部位に保持される。PLP結合ポケットの要件は限られているにもかかわらず、PLP酵素は5つの異なるファミリーに属している。これらのファミリーは特定のタイプの反応とはあまり相関しない。5つのファミリーはフォールドタイプとして分類され、その後にローマ数字が続く。

* ~~Fold Type I — aspartate aminotransferase family~~

* フォールドタイプI  - アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼファミリー

* ~~Fold Type II — tryptophan synthase family~~

* フォールドタイプII - トリプトファン合成酵素ファミリー

* ~~Fold Type III — alanine racemase family (TIM~~-~~barrel)~~

* フォールドタイプIII - アラニンラセマーゼファミリー（TIM-バレル）

* ~~Fold Type IV —~~ D-~~amino acid aminotransferase family~~

* フォールドタイプIV - D-アミノ酸アミノトランスフェラーゼファミリー

* ~~Fold Type V — glycogen phosphorylase family~~

* フォールドタイプV  - グリコーゲンホスホリラーゼファミリー

~~</div>~~

==生合成==

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 特異性においてさらに重要な役割を果たすのが、[[pyridine/ja|ピリジン]]環窒素のプロトン化のしやすさである。
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+==PLP-酵素==
-==PLP-enzymes==
+{{Anchor|PLP-enzymes}}
-PLP is retained in the active site not only thanks to the lysine, but also thanks to the interaction of the phosphate group and a phosphate binding pocket and to a lesser extent thanks to base stacking of the pyridine ring with an overhanging aromatic residue, generally tyrosine (which may also partake in the acid–base catalysis). Despite the limited requirements for a PLP binding pocket, PLP enzymes belong to only five different families. These families do not correlate well with a particular type of reaction. The five families are classified as fold types followed by a Roman numeral.
+PLPは、リジンだけでなく、リン酸基とリン酸結合ポケットとの相互作用によって活性部位に保持され、さらに、ピリジン環と張り出した芳香族残基、一般的にはチロシン（チロシンも酸塩基触媒反応に関与することがある）との塩基のスタッキングによって、活性部位に保持される。PLP結合ポケットの要件は限られているにもかかわらず、PLP酵素は5つの異なるファミリーに属している。これらのファミリーは特定のタイプの反応とはあまり相関しない。5つのファミリーはフォールドタイプとして分類され、その後にローマ数字が続く。
-* Fold Type I   — aspartate aminotransferase family
+* フォールドタイプI&nbsp; - アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼファミリー
-* Fold Type II  — tryptophan synthase family
+* フォールドタイプII - トリプトファン合成酵素ファミリー
-* Fold Type III — alanine racemase family (TIM-barrel)
+* フォールドタイプIII - アラニンラセマーゼファミリー（TIM-バレル）
-* Fold Type IV  — D-amino acid aminotransferase family
+* フォールドタイプIV - D-アミノ酸アミノトランスフェラーゼファミリー
-* Fold Type V   — glycogen phosphorylase family
+* フォールドタイプV&nbsp; - グリコーゲンホスホリラーゼファミリー
-</div>
 ==生合成==