Protein/ja: Difference between revisions

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===バイオインフォマティクス===

==~~=Bioinformatics~~===

タンパク質の構造、機能、進化を解析するために、膨大な数の計算手法が開発されてきた。このようなツールの開発は、[[human genome/ja|ヒトゲノム]]を含む様々な生物について利用可能な大量のゲノムおよびプロテオミクスデータによって推進されてきた。すべてのタンパク質を実験的に研究することは不可能であるため、実験室での実験に供されるのはごく一部であり、計算ツールを用いて類似タンパク質を推定することが行われている。このような[[Sequence homology/ja|相同タンパク質]]は、[[sequence alignment/ja|配列アライメント]]によって遠縁の生物で効率的に同定することができる。ゲノムや遺伝子の配列は、ある特定の性質について様々なツールで検索することができる。[[Sequence profiling tool/ja|配列プロファイリングツール]]は[[restriction enzyme/ja|制限酵素]]部位や[[nucleotide/ja|ヌクレオチド]]配列中の[[open reading frame/ja|オープンリーディングフレーム]]を見つけ、[[secondary structure/ja|二次構造]]を予測することができる。[[Phylogenetic tree/ja|系統樹]]を構築し、[[:en:ClustalW|ClustalW]]のような特別なソフトウェアを使って、現代の生物の祖先とそれらが発現する遺伝子に関する[[evolution/ja|進化]]仮説を立てることができる。遺伝子やタンパク質の解析には、今や[[bioinformatics/ja|バイオインフォマティクス]]の分野が欠かせない。

A vast array of computational methods have been developed to analyze the structure, function and evolution of proteins. The development of such tools has been driven by the large amount of genomic and proteomic data available for a variety of organisms, including the [[human genome]]~~. It is simply impossible to study all proteins experimentally, hence only a few are subjected to laboratory experiments while computational tools are used to extrapolate to similar proteins. Such~~ [[Sequence homology|~~homologous proteins~~]] ~~can be efficiently identified in distantly related organisms by~~ [[sequence alignment]]~~. Genome and gene sequences can be searched by a variety of tools for certain properties.~~ [[Sequence profiling tool]]~~s can find~~ [[restriction enzyme]] ~~sites,~~ [[~~open reading frame~~]]~~s in~~ [[~~nucleotide~~]] ~~sequences, and predict~~ [[secondary structure]]s. [[Phylogenetic tree]]~~s can be constructed and~~ [[~~evolution~~]]~~ary hypotheses developed using special software like~~ [[~~ClustalW~~]] ~~regarding the ancestry of modern organisms and the genes they express. The field of~~ [[bioinformatics]] ~~is now indispensable for the analysis of genes and proteins.~~

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===動的過程のインシリコシミュレーション===

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+===バイオインフォマティクス===
-===Bioinformatics===
+{{Main/ja|Bioinformatics/ja}}
-{{Main|Bioinformatics}}
+タンパク質の構造、機能、進化を解析するために、膨大な数の計算手法が開発されてきた。このようなツールの開発は、[[human genome/ja|ヒトゲノム]]を含む様々な生物について利用可能な大量のゲノムおよびプロテオミクスデータによって推進されてきた。すべてのタンパク質を実験的に研究することは不可能であるため、実験室での実験に供されるのはごく一部であり、計算ツールを用いて類似タンパク質を推定することが行われている。このような[[Sequence homology/ja|相同タンパク質]]は、[[sequence alignment/ja|配列アライメント]]によって遠縁の生物で効率的に同定することができる。ゲノムや遺伝子の配列は、ある特定の性質について様々なツールで検索することができる。[[Sequence profiling tool/ja|配列プロファイリングツール]]は[[restriction enzyme/ja|制限酵素]]部位や[[nucleotide/ja|ヌクレオチド]]配列中の[[open reading frame/ja|オープンリーディングフレーム]]を見つけ、[[secondary structure/ja|二次構造]]を予測することができる。[[Phylogenetic tree/ja|系統樹]]を構築し、[[:en:ClustalW|ClustalW]]のような特別なソフトウェアを使って、現代の生物の祖先とそれらが発現する遺伝子に関する[[evolution/ja|進化]]仮説を立てることができる。遺伝子やタンパク質の解析には、今や[[bioinformatics/ja|バイオインフォマティクス]]の分野が欠かせない。
-A vast array of computational methods have been developed to analyze the structure, function and evolution of proteins. The development of such tools has been driven by the large amount of genomic and proteomic data available for a variety of organisms, including the [[human genome]]. It is simply impossible to study all proteins experimentally, hence only a few are subjected to laboratory experiments while computational tools are used to extrapolate to similar proteins. Such [[Sequence homology|homologous proteins]] can be efficiently identified in distantly related organisms by [[sequence alignment]]. Genome and gene sequences can be searched by a variety of tools for certain properties. [[Sequence profiling tool]]s can find [[restriction enzyme]] sites, [[open reading frame]]s in [[nucleotide]] sequences, and predict [[secondary structure]]s. [[Phylogenetic tree]]s can be constructed and [[evolution]]ary hypotheses developed using special software like [[ClustalW]] regarding the ancestry of modern organisms and the genes they express. The field of [[bioinformatics]] is now indispensable for the analysis of genes and proteins.
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 ===動的過程のインシリコシミュレーション===