現代の創薬では、親和性、選択性（副作用の可能性を減らす）、有効性／効力、代謝安定性（半減期を長くする）、経口バイオアベイラビリティを高めるために、スクリーニングでヒットした化合物を特定し、薬化学的に最適化する。これらの要件をすべて満たす化合物が同定されると、臨床試験に先立ち、薬物開発のプロセスが開始される。これらのステップの1つ以上には、必ずしもコンピュータ支援薬物設計が含まれるとは限らない。