多くの魚は窒素性廃棄物をアンモニアとして排出する。これはえらを通じて排泄されるか、またはろ過されて腎臓によって排出される。塩は直腸腺によって排出される。海水魚は浸透によって水を失いやすく、腎臓は体に水を戻し、濃縮尿を生成する。逆に淡水魚では水を浸透で得やすく、希釈尿を生成する。ある魚は淡水と海水の両方で機能する腎臓をもつ。