現生魚類の生物多様性は群ごとに不均一に分布しており、顎を突き出すことができる硬骨魚類である条鰭亜綱が魚種の96%を占める。クラドグラムは、現存する全ての魚類群（それぞれの多様性を含む）と四肢動物の進化的関係を示している。絶滅した群は短剣符号 (†) で示され、位置が不確かな群は疑問符 (?) と破線 (- - - - -) で示される。2万5000種以上を含む群は太字で示される。