淡水漁業は、内陸地域や大きな川や湖のある地域で見られる。淡水魚は、西ジャワのスンダ料理で人気があり、北スマトラのバタク地方のトバ湖で捕獲または養殖されたり、リアウ、ジャンビ、南スマトラのマレー地方やカリマンタンの大きな川から採取されたりする。人気の淡水魚には、コイ、グラミー、ナマズ、「パンガシウス」、ライギョ、「トリコガステル」、キノボリウオ、ナイルティラピア、モザンビークティラピアなどがある。