食事による欠乏症はまれである。古典的な臨床症状には、口や目の周りの発疹や炎症があり、さらに眠気や手足の感覚神経や運動神経に影響を及ぼす末梢神経障害を含む神経学的影響がある。食事による不足に加えて、抗ビタミン薬物による欠乏もある。また、ビタミンB6欠乏依存性の癲癇発作を誘発するまれな遺伝子異常が乳児に存在する。これらはピリドキサール5'-リン酸療法に反応する。