好気性生物にとって関連する問題は酸化ストレスである。ここでは、酸化的リン酸化やタンパク質折り畳みの際のジスルフィド結合の形成などの過程で、過酸化水素などの活性酸素種が生成される。これらの有害な酸化物質は、グルタチオンなどの抗酸化物質の代謝産物や、カタラーゼやペルオキシダーゼなどの酵素によって除去される。