ビタミンB6欠乏症の典型的な臨床症候群は、脂漏性皮膚炎様発疹、潰瘍を伴う萎縮性舌炎、口角炎、結膜炎、間擦疹、 異常な脳波、小球性貧血（ヘム合成の障害による）、および傾眠、錯乱、抑うつ、神経障害（スフィンゴシン合成の障害による）の神経症状がある。