第二世代バイオ燃料は、非食用の植物や廃棄物から生産されるため、食料生産との競合を減らすことができる。しかし、保護地域とのトレードオフや地域の大気汚染など、他の負の影響をもたらす可能性がある。比較的持続可能なバイオマス源としては、藻類、廃棄物、そして食料生産には不適な土壌で栽培される作物などが挙げられる。