通常、忍容性は高いが、過剰摂取による毒性はあり得る。時折、頭痛、しびれ、眠気などの副作用が現れる。 ピリドキシンの過剰摂取は、協調性の低下、しびれ、触覚、温度、振動に対する感覚の低下を特徴とする末梢感覚神経障害を引き起こす可能性がある。健康なヒトのピリドキシンの血中濃度は2.1～21.7 ng/mLである。通常量は妊娠中と授乳中に安全である。