DXP非依存的なPLP生合成経路は、2つのサブユニットからなる酵素、PLP-シンターゼによって触媒されるステップからなる。PdxSはリブロース5-リン酸、グリセルアルデヒド-3-リン酸、アンモニアの縮合を触媒し、この後者の分子はグルタミンからアンモニアの生成を触媒するPdxTによって生成される。PdxSは(β/α)8バレル（TIMバレルとも呼ばれる）で、12量体を形成している。