メトホルミンの最も一般的な副作用は、下痢、けいれん、吐き気、嘔吐、および鼓腸の増加などの消化管刺激である。メトホルミンは、他のほとんどの抗糖尿病医薬品よりも一般的に消化器系の副作用と関連している。メトホルミンの最も重篤な潜在的副作用は乳酸アシドーシスである；この合併症はまれであり、肝機能または腎機能の低下に関連しているようである。メトホルミンは重度の腎臓病患者への使用は承認されていないが、腎臓に問題のある患者には低用量で使用することができる。