新しい代謝経路の進化だけでなく、進化によって代謝機能が失われることもある。例えば、いくつかの寄生虫では生存に必須ではない代謝過程が失われ、代わりにあらかじめ形成されたアミノ酸、ヌクレオチド、炭水化物がホストから回収されることがある。同様の代謝能力の低下は内部共生にも見られる。