2018年時点では、糖質制限食の潜在的な悪影響、特に微量栄養素の充足、骨の健康、がんリスクについては十分な注意が払われていない。ある質の低いメタアナリシスでは、副作用として「便秘、頭痛、口臭、筋肉のけいれん、全身の脱力感」などが考えられると報告している。