低炭水化物食を2年未満続けても、心血管系の健康マーカーは悪化しないことがわかった。しかし、低炭水化物食を長年続けると、心臓病で死亡する可能性がある。低炭水化物食を長期に続けると、総コレステロールやLDLコレステロールの増加といった脂質パラメータに悪影響を及ぼす。これは、低炭水化物ダイエットを行う人の多くが動物性食品を多く食べ、繊維や微量栄養素を豊富に含む果物や野菜をあまり食べないためである。