有機酸はハチミツ中の酸の大部分を構成し、混合物の0.17〜1.17%を占める。その中で、グルコースオキシダーゼの作用によって形成されるグルコン酸が最も豊富に存在する。他に少量の有機酸として、ギ酸、酢酸、酪酸、クエン酸、乳酸、リンゴ酸、ピログルタミン酸、プロピオン酸、吉草酸、カプロン酸、パルミチン酸、コハク酸など、多数のものが存在する。