消化器系は、口から肛門まで続く管、すなわち腸管から成る。多くの魚の口には、獲物を捕らえる、植物質を噛み取るまたは削り取る、あるいは食物を砕くための歯がある。食道は食物を胃へ運び、胃では食物が蓄えられ部分的に消化されることがある。括約筋である幽門が間隔をおいて食物を腸に放出する。多くの魚は幽門の周囲に幽門盲嚢と呼ばれる指状の嚢をもち、その機能は不明である。膵臓は消化酵素を腸に分泌し、食物を消化する。他の酵素は腸自体によって直接分泌される。肝臓は胆汁を生成し、脂肪を乳化して腸で吸収可能にする。