人工肥料および工業的に施用される肥料の使用は、栄養素の流出による水質汚染や富栄養化、肥料の生産および採掘による炭素その他の排出、そして土壌の汚染などの環境問題を引き起こしている。肥料や農薬の使用による悪影響や工業的農業による環境破壊を減らすために、様々な持続可能な農業慣行が実施され得る。