摂取後、イコサペンタエン酸エチル（E-EPA）はイコサペンタエン酸（EPA）に代謝される。EPAは小腸で吸収され、循環に入る。血漿中濃度のピークは摂取後約5時間で、半減期は約89時間である。EPAは主に肝臓で脂肪分解される。