多くの生物において、阻害物質はフィードバック機構の一部として働くことがある。酵素がある物質を過剰に生産する場合、その物質はそれを生産する経路の最初にある酵素の阻害剤として働き、十分な量があるときに物質の生産を減速させたり停止させたりする。これは負のフィードバックの一形態である。クエン酸サイクルなどの主要な代謝経路は、このメカニズムを利用している。