補因子を含む酵素の例は炭酸脱水酵素で、活性部位の一部として結合した亜鉛補酵素を用いる。これらの強固に結合したイオンや分子は通常活性部位に存在し、触媒反応に関与する。例えば、フラビンやヘムの補酵素はしばしば酸化還元反応に関与する。