免疫システムもまた、熱ストレスを受けた動物において機能が低下することが知られており、これらの動物をさまざまな感染症により感受性の高い状態にする。同様に、家畜のワクチン接種は熱ストレスに苦しむ際には効果が低い。これまで、熱ストレスは研究者によって一貫性のない定義を用いて推定されており、現在の畜産モデルは実験データとの相関が限定的である。しかし、これを行う最初のモデルは2021年にようやく発表され、それでも体温を系統的に過大評価し、呼吸数を過小評価する傾向がある。