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心臓欠損症は最も一般的な先天性欠損症である。2013年には、世界中で3,430万人に見られた。診断方法にもよるが、出生1,000人あたり4～75人が罹患している。1,000人あたり約6～19人が中等度から重度の問題を引き起こしている。先天性心疾患は、先天性疾患に関連した死亡の主な原因である。2013年には323,000人が死亡し、1990年の366,000人から減少した。