体内でのカルシトリオールの半減期は、その前駆体であるカルシフェジオールの半減期が数週間であるのとは異なり、数時間で測定される。カルシトリオールは、1,24,25-トリヒドロキシビタミンD、カルシトロイン酸を形成するためにさらなる水酸化によって不活性化される。これはCYP24A124-水酸化酵素の作用によって起こる。カルシトロイン酸は水に溶けやすく、胆汁および尿中に排泄される。