この種は土壌の上層に多く生息し、枯草菌はヒトの正常な腸内常在菌であると考えられている。2009年の研究では、土壌に含まれる芽胞の密度（1グラムあたり約106個の芽胞）とヒトの糞便に含まれる芽胞の密度（1グラムあたり約104個の芽胞）を比較した。ヒトの腸内で発見された芽胞の数は、食物汚染による消費のみに起因するには多すぎた。いくつかのハチの生息地では、ミツバチの腸内細菌叢に枯草菌が現れる。枯草菌は海洋環境にも存在する。