アミノ酸は、IUPAC-IUBMBによって正式に命名されている。生化学命名法に関する合同委員会では、図のような架空の「中性」構造を用いて命名している。例えば、アラニンの系統名はCH3−CH(NH2)−COOH式に基づく2-アミノプロパン酸である。欧州委員会はこのアプローチを次のように正当化している：