バイオエネルギーの気候への影響は、バイオマスの原料がどこから来て、どのように栽培されるかによって大きく異なる。例えば、エネルギーのために木材を燃やすと二酸化炭素が放出されるが、伐採された木が適切に管理された森林で新しい木に置き換えられれば、新しい木が成長するにつれて空気中の二酸化炭素を吸収するため、これらの排出は大幅に相殺されうる。しかし、バイオエネルギー作物の確立と栽培は、自然の生態系を変位させ、土壌を劣化させ、水資源や合成肥料を消費する可能性がある。